จากกรณีกัมพูชายื่นหนังสือประท้วง ขอให้กระทรวงวัฒนธรรมของไทยหยุดดำเนินการเกี่ยวกับการบูรณะปราสาทตาควาย และกลุ่มปราสาทตาเมือน โดยอ้างว่าเป็นของกัมพูชานั้น นางสาวซาบีดา ไทยเศรษฐ์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงวัฒนธรรม ยืนยันว่า ปราสาทตาควาย และกลุ่มปราสาทตาเมือน เป็นโบราณสถานของไทย ซึ่งปราสาทตาเมือนธมและปราสาทตาเมือนโต๊ด ได้รับการประกาศขึ้นทะเบียนเป็นโบราณสถาน ในราชกิจจานุเบกษาตั้งแต่ พ.ศ. 2478 รัฐบาลไทยได้อนุมัติงบประมาณในการบูรณะ ระหว่างปี พ.ศ. 2533 - 2539 จนสามารถบูรณะปราสาทประธานเสร็จสมบูรณ์ โดยปราศจากการทักท้วง หรือคัดค้านจากฝ่ายกัมพูชา ส่วนปราสาทตาควาย กรมศิลปากรได้สำรวจร่วมกับเจ้าหน้าที่ตำรวจตระเวนชายแดนของไทย มาตั้งแต่ปี พ.ศ. 2544 – 2545 มีการจัดทำรายงานการสำรวจทางโบราณคดีเป็นหลักฐาน ซึ่งขณะสำรวจไม่ปรากฏทหารกัมพูชาอยู่ในบริเวณดังกล่าว เนื่องจากเป็นพื้นที่ดินแดนประเทศไทย แต่จากเหตุการณ์การปะทะของทหารไทยและกัมพูชาในช่วงเวลาที่ผ่านมา ปรากฏหลักฐานชัดเจนว่ากัมพูชาใช้ปราสาทตาควายเป็นฐานที่มั่นทางการทหารผิดต่อหลักการสากล ส่งผลให้เกิดความเสียหายอย่างหนักต่อโบราณสถาน ภายหลังการหยุดยิงประเทศไทยสามารถสถาปนาพื้นที่เหนือดินแดนปราสาทตาควาย และกลุ่มปราสาทตาเมือนไว้ได้ ซึ่งพบว่าปราสาทตาควายได้รับความเสียหายอย่างมาก และยังพบร่องรอยความเสียหายของกลุ่มปราสาทตาเมือน กระทรวงวัฒนธรรมจึงมอบหมายให้กรมศิลปากรทำการสำรวจเพื่อเตรียมการบูรณะโดยทันที ผลจากการสำรวจพบว่าปราสาทตาควายจำเป็นต้องรีบดำเนินการบูรณะโดยด่วน เนื่องจากโครงสร้างของตัวปราสาทได้รับความเสียหายอย่างรุนแรง